合歓山の斜面は比較的なだらかでニイタカヤダケの群生が草原のように広がっています。ニイタカトドマツなどの針葉樹は合歓山エリアを代表する植物です。
タロコ国立公園は中央山脈の北の部分に位置し、南北両側に高い山々が連なっています。公園区域の海抜は立霧渓河口の0mから、直線距離にして僅か約40kmの間で南湖大山の標高3740mまで上昇し、東側の清水断崖と立霧渓本流、支流の谷間と一部の河岸段丘を除いて、他の地域は全て険しい山岳地形からなります。太魯閣の高山は地殻が急速に隆起したことによって形成されたものです。650万年前の蓬莱造山運動の際、フィリピン海プレートがユーラシアプレートにぶつかり台湾島が海中から押し上げられて海面に露出し、地殻の隆起に豊富な雨による侵食が加わって中央山脈ができました。地域全体で見るとL字型をした稜線が二つあり、一つは奇來連峰が左へ折れて合歓群峰につながり、大禹嶺上方の畢緑山、鈴鳴山を越えて中央尖山、南湖大山へと続く中央山脈の主稜線で、全長50km、もう一つは奇來主山北峰から東の磐石山、太魯閣大山、立霧主山、帕托魯山へとつながる支稜線です。国立公園全体は、中部東西横貫公路の北側の中央尖山群峰と、南側の合歓山および奇來山群、東南方の三棧渓集水域、中部東西横貫公路の峡谷地域の4つの地理区分に分けられます。
地域全体の地勢は、西から東へ、高山から渓谷、海面へと少しずつ低くなり、標高3000mを越す高山寒帯地域の面積（水面面積）は国立公園全体の7.2%を占め、標高1000～3000mの温帯山地が78.4%，1000m以下が14.4%を占めています。