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一、依建築法第二條規定：主管建築機關，在中央為內政部；在直轄市為直轄市政府；在縣(市)為縣(市)政府。在第三條規定之地區，如以特設之管理機關為主管建築機關者，應經內政部之核定。
二、建築法授權直轄市、縣（市）政府得依據地方情形，分別訂定建築管理規則。特設主管建築機關非屬建築法授權單位，應不得自行訂定建築法授權之相關規定。本處於78年7月1日經內政部核定為太魯閣國家公園計畫範圍之主管建築機關，有關建築法規定之申辦業務係依行政區域範圍參酌該直轄市、縣（市）政府主管建築機關所定建築管理法令規定辦理。
三、建築法第32條規定之必要結構計算書、建築物設備圖說及設備計算書，本處參酌花蓮縣政府之「花蓮縣建築管理自治條例」規定辦理建築管理行政作業審查，並依內政部頒定「建造執照及雜項執照規定項目審查及簽證項目抽查作業要點」規定辦理抽查。

建築執照分為下列四種：
1建造執照、2雜項執照、3使用執照、4拆除執照。
有關建築物（新建、增建、改建、修建）、雜項構造物，施工完竣後之使用或建築物之拆除，皆須依建築法相關規定辦理各項建築執照申請。

太魯閣國家公園計畫範圍內之資源與土地利用，依國家公園法及其施行細則之規定劃定使用分區，分為一般管制區、生態保護區、特別景觀區、史蹟保存區、遊憩區。相關分區使用應依太魯閣國家公園計畫（第二次通盤檢討）及國家公園保育利用管制原則，依各分區屬性規定使用。目前一般管制區農業用地，申請興建農舍者，其建蔽率不得超過10%。

太魯閣國家公園位處山坡地範圍，需實施水土保持處理與維護，由水土保持義務人（起造人）擬具水土保持計畫（簡易水土保持申報書），依受理權責函請花蓮縣政府或水保局申請核定後，始得申辦建造執照。

依現行國家公園保護利用管制原則，太魯閣國家公園一般管制區農業用地，申請興建農舍者，其使用強度規定建蔽率不得超過10%，總樓地板面積不得超過495平方公尺，建築物高度不得超過三層或簷高10.5，地下層不得超過4公尺。

太魯閣國家公園定期主動至園區內辦理建築法令宣導，輔導居民對於未依規辦理之建物提供辦理程序說明及服務，並於太魯閣國家公園網站設有為民服務單一窗口提供相關作業流程及申辦書表提供民眾線上申請服務，降低及避免違章建築使用之情事發生。

（一）為執行太魯閣國家公園區內建築管理，處理違章建築物，依據建築法及違章建築處理辦法等104年8月17日訂定太魯閣國家公園管理處違章建築處理要點。本處違章建築處理作業程序分為：
1.違章建築查報2.違章建築認定3.違章建築拆除。

（二）實地勘查經認定為程序違建或尚未構成拆除要件者，由認定單位填載違建(勒令停工)通知單，通知違建人於期限內提出合法建築物證明文件補辦申請建造執照，合於規定免予拆除。若未完成相關程序者由拆除單位發拆除通知函，通知違建人限期自行拆除，逾期本處強制拆除，並辦理結案。

太魯閣國家公園轄區相關違章情形除不良景觀物可逕予排除，餘多為住宅擴建使用為主，屬程序違建部分，為避免管理處與部落居民衝突，住宅擴建案皆以輔導當事人依規定補辦相關執照申請，以輔導其合法化。

依據違章建築處理辦法第8條規定：違章建築拆除後之建築材料，應公告或以書面通知違章建築所有人、使用人或管理人限期自行清除，逾期不清者，視同廢棄物，依廢棄物清理法規定處理，為維護區內環境整潔。

太魯閣國家公園計畫範圍內原有建築物符合下列規定辦理者，視為合法建築物。
（一）位於天祥風景特定區都市計畫地區於60年12月20日都市計畫公布以前建築完成者。
（二）位於秀林鄉（崇德地區）都市計畫地區於71年4月16日都市計畫公布以前建築完成者。
（三）花蓮縣境內部分屬東部區域計畫於74年11月16日以前建造完成之建築物。
（四）台中市、南投縣境內部分屬中部區域計畫於69年6月1日以前建造完成之建築物。
（五）依建築法第96條「本法施行前，供公眾使用之建築物而未領有使用執照者，其所有權人應申請核發使用執照。但都市計畫範圍內非供公眾使用者，其所有權人得申請核發使用執照。前項建築物使用執照之核發及安全處理，由直轄市、縣（市）政府於建築管理規則中定之。
符合上述條件之建築物應具相關證明文件之一，辦理合法建築物認定：
1、建築執照、房屋謄本或建物登記證明。
2、戶口遷入證明。
3、完納稅捐證明。
4、繳納自來水或電費證明。
5、鄉（鎮）公所核發之為實施建築管理地區建物證明。