進入太魯閣國家公園除錐麓古道於民國106年3月16日起開始收費(收費標準為全票每人200元,半票100元,半票優待的對象為6至12歲之兒童以及學生,未滿6歲之兒童及執行公務者免費優待,請備相關證明文件現場查驗。當地太魯閣族、賽德克族原住民族,則免辦理入園申請,採身分證明文件查證方式進入。),民眾請先辦妥入園申請,並於當日完成繳費後始可進入錐麓古道。園區內其他地區免費。
進入太魯閣峽谷段並不需要申請入山入園證,進入本處生態保護區(南湖大山、奇萊山或畢祿山等)才需要申請。詳細入山、入園資訊請參考(臺灣國家公園入園入山上申請服務網,「為民服務/單一窗口/入園申請」內容 )。(目前僅南湖大山線須申請入山許可證。)
入園核可後需辦理入山證,入山證請向警政署或警政單位申請,請務必於出發前申請完成。