一、研究緣起與方法
此研究承續2013年度研究計畫[臺灣水鹿跨域整合研究(二)]，本年度分成數個部分進行：1.在南湖山區、楠溪林道、八通關地區、雪東線與志樂溪流域以沿線調查與自動相機，研究監測中大型哺乳動物概況、水鹿分布範圍、水鹿棲地選擇；2.在苗栗縣、宜蘭縣、花蓮縣、南投縣、台東縣、新竹縣的原住民部落進行訪查，以了解原住民對水鹿的傳統知識與利用方式；3.於雪山志樂溪上游以自動相機配合捕捉-標記-再捕捉法估算樣區內的水鹿族群密度，並評估台灣水鹿啃食或磨角損害現況以及對於森林植被結構與更新影響；4.在楠溪林道紅檜造林地觀測水鹿啃食頻度的季節變化，分析啃食行為與水鹿生活史、季節的關係，以探討水鹿啃食樹皮的原因；5.遺傳結構分析部分，今年進一步採集過去缺乏地理連續性地區的樣本，總共新增108個水鹿樣本、66條序列。已取得水鹿粒線體D-loop DNA全長序列共457條，以Neighbor-joining、Maximum likelihood、Bayesian親緣關係樹分析臺灣水鹿分群，並計算分群時間；6.將臺灣水鹿D-loop序列以中性檢測、網狀關係圖、核苷酸錯位分布、貝氏天際線分析其歷史族群變動趨勢。7. 透過蓮花池沉積物中保存的花粉化石研究，試圖建立太魯閣國家公園園區內過去的植被、氣候與環境變遷歷史。
二、重要發現
南湖山區的水鹿持續往外擴散到接近人類活動區域，八通關地區水鹿的分布界線約在乙女瀑布及樂樂山屋附近，在這兩個地區均有觀察到狩獵痕跡；而雪東線未發現水鹿痕跡，需到翠池之後才漸有水鹿出現。不同地區的水鹿族群對棲地的選擇方式不同，南湖山區的水鹿OI和與水源距離呈顯著正相關，楠溪林道的水鹿OI與坡度呈顯著負相關、與側向開闊度顯著正相關，八通關地區的水鹿OI則和與公路距離呈顯著正相關，在雪東線至志樂溪區域目前的資料未顯示水鹿OI與環境因子有明顯關聯。
多數的受訪原住民均表示水鹿族群近年明顯增加，各部落每年約獵取數十隻水鹿，但信義鄉的部落一年共可獵取達3,000隻，獵獲的水鹿許多部位都有用處。不同區域的獵人所述的水鹿生活史有所差異，可能代表了不同水鹿族群之間的差異。此外，部分受訪者贊成不要狩獵路旁的動物，留給遊客欣賞發展深度旅遊。
雪山志樂溪水鹿在7月、9月與10月的族群密度相對比其他月份高，推論可能與繁殖季或季節性移動有關。整體而言雪山志樂溪樹木被水鹿利用的程度相當低。楠溪林道調查結果發現水鹿啃食紅檜樹皮頻度在4月及5月特別高，可能是因為長角期間，需要透過啃食紅檜樹皮來補充體內的鈣含量。這些結果顯示不同地區的水鹿族群可能因為生理狀況的差異，而對啃食樹皮有不一樣的需求。
粒線體DNA序列遺傳多樣性分析方面，今年增加一新D-loop單套型，目前共發現20個序列單套型（Haplotype）。重要發現為太魯閣陶塞溪中下游流域、雪霸國家公園所擁有4個單套型，其核苷酸取代特徵與臺灣其他地區明顯不同。經數種親緣關係樹分析，可分成陶塞雪霸類群與中央山脈主要類群，其中，更分析出今年所發現之RUS05單套型可能為連接陶塞雪霸類群與中央山脈主要類群之中間型類群，且目前只發現其分布於太魯閣峽谷中。這結果可以強化太魯閣國家公園內過去可能存有冰河時期動物避難所的可能性。另外，經由分子鐘的計算這兩類群分歧時間為距今72,500至83,750年間，約在上次冰河時期。而利用Nested Clade Analysis顯示地理距離的隔離，也是造成臺灣水鹿族群遺傳分化因素之一。根據本研究成果，在不同地理氣候條件下所採用的保育強度與運用策略上應該與過去不一樣，而開發利用解析度更高的遺傳標記去進行不同區的族群遺傳管理也是必需進行的。水鹿研究的新發現，也需要傳播給大眾，傳輸臺灣自然環境與水鹿族群間的交互影響及遺傳多樣性監控的重要性。
於蓮花池進行兩次沉積物採樣，初步結果顯示蓮花池的自然環境曾經發生變化，在4600年前堆積的花粉化石以艾屬花粉和蕨類孢子為絕對優勢，樹種花粉數量極少，說明當時蓮花池的水域較小，環境也較為封閉，相較之下，近代的花粉堆積不僅種類繁多，數量也極為豐富，轉變估計發生在800年前左右。透過絕對年代測定，建立蓮花池沉積物的年代架構，估計1萬年前的沉積物約在深度150公分處，2萬年前約在266公分處，藉由蓮花池中的花粉化石以重建上次冰期以來氣候與環境變遷歷史是值得嘗試的課題。
三、主要建議事項
1. 考慮增加中海拔地區的水鹿族群監測樣區。
2. 研究不同地區水鹿的生理狀況及樹皮成分，以釐清水鹿啃食現象的成因。
3. 增加樣區並開發解析度更高的遺傳標記，進行進一步的族群遺傳研究。
4. 將花粉採樣位置東移至蓮花池水域南側，並利用枯水期鑽取長而連續完整的沉積物芯。