本研究計劃共計調查本園區裡之中央山脈西側水系，包括南湖溪、耳無溪、碧綠溪及合歡溪；以及中央山脈東側之立霧溪主流，及其支流，包括陶塞溪、休督溪、瓦黑爾溪、塔次基里溪、沙卡礑溪， 另外尚對於三棧南、北溪，蓮花池及天巒池等地，均進行採集調查。 雖然以往之研究調查極為貧乏，然而由一些以往的報告中可以發現，本區仍有釵h珍貴水生動物資源，例如Kano(1940)指出南湖溪有珍貴的櫻花鉤吻鮭之分佈；Kuroda(1941)記錄鹿野忠雄於畢祿山附近發現台灣碗豆蜆；大島正滿(1923)提及三棧溪，立霧溪曾有香魚的分佈，呂(1984)發現陶塞溪和立霧溪的魚類至少有五種，其中鱸鰻是政府公佈為珍貴稀有的野生動物之一；呂(1984)亦特別指出南湖圈谷之日本渦虫為台灣分佈的最高處；曾(1986)則記錄立霧溪下游和三棧溪等地有許多洄游性魚類(鱸鰻、日本禿頭鯊、湯鯉等等)、蟹(直額絨螯蟹、華溪蟹)、蝦(金神沼蝦、條紋沼蝦、米蝦等)；顏等(1984)在環境評估調查裡，更另記錄到在蓮花池和瓦黑爾溪等地有養殖和逃逸出野外的虹、鯽、鯉魚、泥鰍和羅漢魚(大津等，1990)，以及25種水生昆虫等等。 雖然這些記錄之中，有的仍有待再加以查證現在的棲息情形如何？但是已可以看出本區仍有許多水生動物之棲息，其中不乏稀有而且珍貴的種類。更由於本溪流環境極為特殊，和本島其他地方之溪流環境截然不同，是否有其他未曾發現之生物，均有待加強調查。