三棧溪位在太魯閣國家公園的南部，流域面積約90平方公里，佔太魯閣國家公園面積十分之一。礙於地形的關係，以致該流域內之動物相分布現況，一直未有完整性的調查研究，以致無從得知，溯溪活動或一般活動對溪流生態環境的影響，因此藉由本計畫的進行，希冀建立三棧溪流域水生生物相之基礎資料，並嘗試對單一物種之族群量加以評估，並監測其長期之變動情形，以解決面臨保育與管理可能衍生的問題。 經過數次的探勘及調查，選定8個調查區做為主要調查的河段。其中調查區1位於河口區、調查區2~4位於三棧北溪、調查區5~8則在三棧南溪。每三個月於各調查區進行魚類、蝦類及蟹類之物種組成調查。魚類的採樣方法以竿釣及電魚法為主，手抛網、刺網及手抄網為輔；蝦類則以籠具為主，網具及電氣法為輔；蟹類則以籠具及網具為主，雙手為輔。陸域動物相調查基於人力、物力及設備的考量，以訪談經常進出三棧溪流域的原住民，作為調查研究資料之來源。 動物族群量之估測則選定台灣鏟頜魚作為主要研究對象。估測方式係利用標識-再捕的方法來評估各調查區之族群量的變動情形。標識方式則採用CWT（Coded Wire Tag）來進行。再以Chapman所修正的Petersen method來進行估算族群數量。 第1調查區的兩棲類僅盤古蟾蜍(Bufo bankorensis)1種、魚類有15科29種、蝦蟹類則記錄到9種。第2、3及4調查區屬於三棧北溪河段，兩棲類的分布有3科9種、魚類種類有5科13種、蝦類6種及蟹類3種、哺乳類的分布有14種。調查區5、6、7、8屬於三棧南溪的河段，該區域兩棲類共有9種、魚類種數多達8科21、蝦類10種及蟹類3種、哺乳類的分布有12種。三棧溪流域分布最廣的哺乳類為台灣獼猴、白鼻心及台灣野豬，最少見的則屬白面鼯鼠及台灣黑熊。分布最廣的兩棲類應屬黑眶蟾蜍、日本樹蛙及斯文豪氏赤蛙，最少的是艾氏樹蛙及莫氏樹蛙。鱸鰻、日本禿頭鯊及大吻蝦虎在所有的調查區皆有分布。最為少見的淡水魚莫過於溪鱧、泥鰍及環帶黃瓜蝦虎。蝦類則以大和米蝦及貪食沼蝦分布最廣。 選定台灣鏟頜魚作為族群數量估測的對象，其原因有二，其一因為台灣鏟頜魚是三棧溪分布最廣的初級性淡水魚類；其二因為台灣鏟頜魚為可利用的淡水魚類資源。第7調查區台灣鏟頜魚族群量之估測值變動介於145~689尾、第8調查區計算所得之估測值為807尾，95%之信賴區間為0~2120尾、第2調查區則介於184~689尾。 調查區8 位於生態保護區的邊緣，對外來種魚類台灣石賓是否會擴散至此，值得加以追蹤。調查區3及調查區4 屬於特別景觀區，宜減少人為因素的干擾，才能使其保有原始的自然生態環境。調查區2、調查區6及調查區7屬於一般管制區，為人為干擾最嚴重的河段，應持續追蹤調查遊憩壓力所造成的影響。 賞魚區設置需考慮以下幾個原則：1、安全性；2、宜設置在緩流區；3、水深不宜過深；4、魚類族群數量及種類數較穩定的河段；5、不需特殊裝備人力可以到達。基於以上原則，在今年的調查過程發現，調查區5及調查區6的河段，皆適合規劃為賞魚區。 若能配合三棧溪的封溪及開放等管制措施，再進行更長期的調查研究，相信對於三棧溪未來的經營管理上，會有相當大的助益。