本研究於民國89年三月至十月間在棲蘭山區進行植物資源調查，調查結果計得區內之維管束植物1009種，分屬152科502屬，種類相當豐富。其中以霧林帶為主要生育環境之種類中屬於台灣特有種佔 38.5%，明顯高於全台灣維管束植物之特有比例（27%）。若僅計算種子植物之特有值更高達46.8%左右，更遠超過全台灣種子植物之特有比例（32.8%），可見霧林帶物種之特殊性，以生物多樣性保育之角度觀之，確屬台灣地區應予保護之重要地帶之一。調查區內之植物有62種為稀有植物，其中棲蘭杜鵑及鴛鴦湖細辛為特產於本區之植物，另外尚有頗多為古老之孑遺物種，極具保育與研究價值。此外，華東瘤足蕨、東方莢果蕨、馬祖耳蕨、老鸛草等四種稀有植物在區內的分布，為本次調查的新發現。 本區之天然植被類型主要包括水生及濕生植被、森林植被兩大類型，其中鴛鴦湖之水生及濕生植被為少數代表台灣中海拔山區水域生態系之地區之一。本區之森林植被可分為常綠闊葉林、半落葉林、 檜木林、鐵杉林及松林等五種主要類型，其中又以檜木林為最主要類型。本調查區內之檜木林為全台此類林型中蓄積優良、更新最佳，佔地最廣，且不同齡級之林分（幼齡林、壯齡林及老齡林）於此均可發現，具有高度生態多樣性，特別是其中的扁柏林為全台（也是全球）惟一殘存最大面積之天然純林，更應予以保存。 依據自然度以及植群之稀少性分析，調查區內北橫沿線之四季景觀變化，斯馬庫斯及鎮西堡之巨木群，鴛鴦湖之中海拔溼生及水生植群，具有高度之植物景觀價值，惟其中若干地區亦屬生態敏感度較高之處，保育與觀光遊憩之平衡點以及環境承載量均需深入考量。