在面積遼闊、山高谷深、植被豐富、生態複雜的太魯閣國家公園裡，野生動物資源豐富，至少有46種哺乳類、146種鳥類、34種爬蟲類、15種兩棲類、21種溪流魚類、逾900種昆蟲、蝦類16種、蟹類6種，其中包含許多台灣特有種，部份已瀕臨絕種，極需要加以保護。 生態系是指生物與非生物環境之間相互影響，彼此依賴，所形成的一個穩定系統。簡單的說，組成生態系的成分包括植物群落、動物群落、土壤、日光、氣溫、溼度等，而這些又受地理位置與地形所左右。
太魯閣國家公園的地形特色是山高谷深，海拔落差達3,700多公尺，氣候呈現了亞熱帶到寒帶的變化，因而植物相豐富，維管束植物總計1,908種。其中單子葉植物355種、雙子葉植物1,166種、 裸子植物17種、蕨類植物370種。各種林型的垂直分布完整，孕育出相當可觀的動物種類與數量。再加上地理位置特殊，三面環山，一面臨海的天然屏障，阻隔了外界干擾，使國家公園內部得以保存完整的生態系統。如果以氣候、地形及動、植物的差異而言，太魯閣國家公園裡可以細分成6個生態系，從3,000公尺以上的高山到低海拔的水域，分別是：寒原生態系、箭竹草原生態系、針葉林生態系、針闊葉林生態系、常綠闊葉林生態系、水域生態系。這六個生態系中的動、植物相互依存，彼此饋養，並與生長環境相結合，不但顯示了各個生態系的特色，也構成整個太魯閣國家公園多采多姿的生態系統。