太魯閣國家公園具備多樣生態系孕育出高生物多樣性；陡峭山脈使許多動物子族群間交流不易造成不同地區間的族群潛在具備基因、形值特徵等獨特性。但近年面對氣候變遷、天災、遊客等衝擊潛在影響太魯閣國家公園生物多樣性的狀況下，釐清園區內的生物多樣性熱點區域為重要保育工作之一。兩棲爬蟲類為外溫動物，對於環境變動較為敏感，但距離前一次太魯閣國家公園針對兩棲類系統調查已超過十年時間；且爬蟲類尚未進行過系統性調查，故有建立太魯閣國家公園長期監測資料庫的必要性，同時藉由舉辦公民科學家工作坊邀請當地居民及志工共同來進行兩棲爬蟲類長期監測。本計畫從太魯閣國家公園低海拔至高海拔挑選9個樣區進行穿越線調查，每樣區一個月進行一次調查；調查過程將目視及聽聞的物種進行記錄，目視到的兩棲爬蟲類物種會進行形值測量；目標物種則會進行標記供後續族群推估。其中於5個樣區中架設紅外線自動相機作為被動輔助性調查。於2024年2月到2025年10月為止，調查到16科52種兩棲爬蟲類，其中包含18種特有種、8種保育類，並沒有記錄到任何兩棲爬蟲外來入侵種。與過去太魯閣國家公園所進行的計畫及研究紀錄相比較，本次調查發現到的新紀錄物種包括貢德氏赤蛙、台灣滑蜥、股鱗蜓蜥、台灣草蜥、古氏草蜥、半葉趾虎、赤背松柏根、白腹游蛇、黑眉錦蛇、鐵線蛇、鉤盲蛇等十一種；兩棲爬蟲類物種數較高的樣區為太魯閣台地、三棧溪及砂卡礑。盤古蟾蜍及麗紋石龍子於兩棲爬蟲類中海拔分布最廣，從低海拔的太魯閣台地到高海拔的楓紅谷樣區皆有紀錄；太田樹蛙與莫氏樹蛙為整體族群量相對較高的物種。自動相機於綠水、西寶、洛韶、碧綠神木等樣區皆有拍攝到兩棲爬蟲物種，共記錄9種130張有效照片，其中以綠水紀錄量最高兩棲爬蟲紀錄達60張有效照片。本計畫研究資料也與2001–2010年、2011–2020年的歷史資料中共同記錄到的兩棲爬蟲物種進行海拔分布比較，2024–2025年的調查顯示盤古蟾蜍、梭德氏赤蛙的平均海拔分布略有上升；標蛇、白梅花蛇在不同年份區間的平均海拔亦呈上升趨勢，需進一步釐清潛在影響因素。針對不同年份區間同物種的形值資料分析顯示，不同海拔與年份間並未影響物種形值表現。本計畫研究結果顯示太魯閣國家公園兩棲爬蟲類物種具高生物多樣性，但部分物種較為隱密偵測不易，故經營公民科學家輔助建立長期生態監測資料庫為不可或缺的一環。本次調查過程也遭逢2024年4月3日大地震的侵擾，在許多樣區進行實體調查有安全顧慮之虞，使用自動相機進行被動監測可輔助實體調查建立當地物種組成及不同物種活躍時間。針對大地震是否對太魯閣國家公園兩棲爬蟲物種、族群及棲地造成影響；以及不同樣區間的物種族群是否開始復甦，則需未來持續進行相關調查研究工作加以驗證。