經檢討第一次隊調查結果，確定需繼續調查洞窟、水質、水系。因此，決定成立第二次隊，由1996年6月 起，開始訂立計畫等活動。 第二次調查主要目的為主要首度正式調查，目的主要為： 　 1、尋找大洞窟 2、查明地下水系之連接 3、地形、地質調查 4、查明形成地層的構造