一、研究緣起
臺灣水鹿(Formosan sambar, Rusa unicolor swinhoii)是臺灣特有亞種，且被列為保育類野生動物，過去族群數量曾因棲地破碎化與狩獵壓力影響而一度銳減，直到近年來才逐漸回昇，因此我們欲檢測其是否曾遭逢瓶頸效應或產生族群間遺傳分化；此外，為建立將來對臺灣野生水鹿族群的經營管理方針，必須瞭解野生水鹿的棲地選擇方式，藉由棲地選擇研究，可讓物種層級的保育策略與棲地層級的保育策略接軌。
二、研究方法與過程
在空間使用與棲地選擇研究的部分，我們於太魯閣國家公園奇萊山區以GPS項圈發報器對水鹿進行追蹤，2012年共回收13隻個體的追蹤定位資料，藉定位資料分析水鹿的日位移距離、活動範圍，以及使用的環境類型、海拔，並探討其對不同坡向、坡度與太陽輻射量是否有所偏好。
在陶塞溪流域與南湖山區，我們架設了12台數位自動相機，自2011年12月至2012年10月監測此區的動物相與動物相對豐度，並比較不同海拔梯度與不同季節間的動物相對豐度變化。
2012年對太魯閣國家公園境內臺灣水鹿遺傳結構分析，主要著重北區（南湖陶塞線與陶塞溪中下游）及西南區（奇萊、磐石）水鹿遺傳樣本分析。目前已蒐集分析出362粒線體D-loop DNA全長序列，包括奇萊山區、磐石山區 、南湖大山陶塞線與陶塞溪中下游。除此之外為了與臺灣其他地區水鹿進行遺傳歧異度分析，我們亦蒐集分析雪霸國家公園翠池與志樂溪流域、丹大野生動物重要棲息環境、雙龍林道與雙龍治茆山、玉山新康與三叉山、大武山等山區樣本。
三、重要發現
水鹿平均日位移距離約為200-500 m，最大可超過6 km。以95% MCP (minimum convex polygon)估算活動範圍，發現最大者可達1,584 ha，雄鹿平均活動範圍(691±504 ha)大於雌鹿(385±298 ha)。並發現箭竹灌叢與草生地是水鹿最喜好的環境類型，每隻個體均會依季節遷徙於中海拔與高海拔的棲地，水鹿主要使用坡度15-40度的環境，對於不同的坡向與太陽輻射量則未表現出有一致的偏好。
於陶塞溪流域與南湖山區回收11台數位自動相機的資料，相機共工作73,500.5 h。結果顯示數量最豐富的物種為山羌(OI=44.54)，水鹿次之(OI=9.24)。1500-2000 m海拔梯度的動物種類與相對豐度都高於其他三個海拔更高的區段。並發現本區的山羌、野豬、獼猴可能都有季節性遷徙行為。
粒線體DNA序列遺傳多樣性分析方面，D-loop單套型目前共發現30個序列單套型（haplotype）。以太魯閣國家公園與丹大野生動物重要棲息環境多樣性較高，但需考量無法排除因樣本收集量不同而導致的誤差。重要的發現是太魯閣陶塞溪中下游流域、雪霸國家公園翠池與及志樂溪所擁有6個單套型其核苷酸取代特徵與臺灣其他地區明顯不同。經親緣關係分析、bootstrap顯著性分析與分化指數（FST），將臺灣水鹿分成兩大遺傳類群。陶塞溪中下游與雪霸國家公園翠池與志樂溪形成一主要類群，這一類群稱為陶塞溪中下游類群；而南湖陶塞線、奇萊山區、磐石山區、丹大野生動物重要棲息環境與大武山水鹿形成另一類群，這個類群稱為中央山脈主要類群。經由分子鐘的計算，這兩類群分歧時間為58,000至118,000年，大約落在臺灣的前次冰河期。Nested clade analysis的分析結果也顯示地理距離的隔離，是造成臺灣水鹿遺傳分化因素之一。而根據此研究的發現，今後臺灣水鹿的保育策略所採用之保育強度與運用策略，可將各保護區不同的地理氣候條件列入考量，而非一致相同。另外，開發利用解析度更高的遺傳標記去進行不同地區的族群遺傳管理，可能是急迫需要進行的。
四、主要建議意見
立即可行之建議
主辦機關：太魯閣國家公園管理處、中華民國國家公園學會
協辦機關：無
對於水鹿的追蹤應持續進行，增加樣本數與追蹤時間，使研究成果更具可信度以作為保育參考，並有利於把成果發表至國際期刊，宣傳太魯閣國家公園之保育研究成果。
長期性建議
主辦機關：太魯閣國家公園管理處
協辦機關：臺灣師範大學生命科學系、臺灣大學動物科學與技術學系
由於新式數位相機的長時間工作能力極強，陶塞橫斷或其他路程遙遠地區，可由巡山員架設相機作監測，半年至一年後回收一次即可。
為何獨特的太魯閣國家公園陶塞中下游水鹿類群會存在，其形成原因與自然環境、地理環境及氣候變遷之關係必須加以研究釐清。