多樣性的基因是物種適應與演化的重要基礎，生物保育的三個層次包括生態多樣性、物種多樣性與基因多樣性，多樣性之研究成果，將可作為國家公園之經營管理政策擬定之基礎。已知太魯閣國家公園擁有豐富之兩棲類物種，故本計畫挑選出太魯閣國家公園內生態地位、功能重要或易受害的物種等作為生態系經營指標物種進行研究。
今年完成之基因條碼（DNA Barcode）計有：莫氏樹蛙、赤尾鮐、龜殼花、菊池氏龜殼花等。此將可供國家公園管理處建立基因多樣性指標物種之用。
另本研究亦對太魯閣國家公園區合歡溪上游及820林道的楚南氏山椒魚，以粒線體之16S基因片段分析其基因多樣性，發現其核苷酸序列完全一致，顯示這兩個地點的楚南氏山椒魚應是屬於同一個族群。
根據林曜松(1991)和楊懿如(2006)之調查報告，中國樹蟾在太魯閣國家公園區之分布，呈現跳躍式分布(砂卡礑步道及蓮花池) 。本計劃亦於花蓮縣瑞穗採集到另一族群之DNA樣本，經分析此二族群粒線體12S及16S之DNA序列，結果發現在16S部分，與NCBI已發表AF315161 ( Jiang and Zhou 2000, China)、蓮花池與花蓮縣瑞穗完全一致，而在12S部分，蓮花池與NCBI已發表AF315129 ( Jiang and Zhou 2000, China)作比較，發現兩者相同，而蓮花池與瑞穗則出現一個明顯的點突變，此可將蓮花池與瑞穗之族群加以區分。
梭德氏赤蛙之調查中，在不同海拔採集到不同基因型之梭德氏赤蛙，此結果可能源自於在不同海拔、環境溫度的族群，經長時間的淘汰及生殖隔離後系群間亦逐漸產生遺傳變異。調查分布與前人的研究資料的比對，兩棲類分布可跨過2000公尺海拔高度的盤古蟾蜍，依其親緣關係之分析，結果發現族群內可依此海拔高度線分出兩個類群(基因多樣性)。故盤古蟾蜍將可作為兩棲類探討生態系之綜合指標生物， 藉以瞭解生態環境受人為、氣候因子等影響之大小。
本研究所建立之實驗平台，完成可做為基因條碼序列之CO1基因部份序列解碼，並將陸續上傳至NCBI Barcodes database，未來可繼續運用於其他物種之調查，建立更為完整之資料庫供作為太魯閣國家公園園區導覽資料，並與世界生態、生物相關資訊共享。