一、研究緣起
本研究於97年5月至12月間，針對砂卡礑溪及鄰近立霧溪流域，進行「砂卡礑溪水域生態復育影響因子調查監測計畫」，以期瞭解砂卡礑溪現有水域生物資源、種類與分布資料，並針對外來種的現況調查與防治進行確認，提出檢討改善及保育策略方案。以維護砂卡礑溪水域生態資源及保育。
二、研究方法及過程
本研究以電氣法、浮潛法、釣魚法及蝦籠法等各種方法，每季一次針對四個固定樣站及四個隨機樣站進行水域生物的調查工作。共計完成三次的野外調查工作及分析。
三、重要發現
（1）共計調查發現到魚類5科11種，淡水蝦2科6種以及蟹類2科3種。其中包含有鱸鰻一種為珍貴稀有保育類野生動物。以及包含台灣石、粗首鱲、大吻蝦虎魚及及台灣扁絨螯蟹與太魯閣澤蟹、灰甲澤蟹等6種為台灣特有種類。但台灣石、粗首鱲為砂卡礑溪的外來種入侵生物。由組成及生物特性來看，砂卡礑溪的溪流生物特色為特有種類少、洄游生物種類多且以底棲生物為優勢的溪流生態系統。
（2）砂卡礑溪的優勢魚類主要為日本禿頭鯊、大吻蝦虎魚、台灣鏟頜魚、台灣石及粗首鱲五種。其中以日本禿頭鯊的分布最為廣泛，數量亦最優勢。其次是台灣鏟頜魚，分布也遍及整個流域，但其在中下游的數量遠不如上游河段。外來種的台灣石、粗首鱲分布則集中在攔水壩以下的中下游河段，其中台灣石的數量在中下游河段十分優勢，粗首鱲則集中在下游河段。淡水蝦類中數量與分布優勢的是大和沼蝦，大和米蝦雖然上溯能力極強，但數量不多。淡水蟹類則以太魯閣澤蟹數量較多，但分布侷限在中上游河段；台灣扁絨螯蟹的數量不如以往文獻，僅在中游河段有零星記錄。
（3）調查顯示，各測站的台灣鏟頜魚和台灣石族群比例呈現消長的關係，比較其食性與棲地偏好，可能存在食物與領域的相互競爭關係。而外來種的台灣石及粗首鱲兩種由其全長頻度組成來看，族群結構穩定，顯示其族群更新良好。
（4）比較「電氣法」及「釣魚法」作為移除外來種方法，可以歸納得到①無論是釣魚法或是電氣法，台灣石的捕獲數量及單位努力量都較粗首鱲來得高。②以數量及單位努力量來說，台灣石較合適以電氣法捕捉，但粗首鱲則較適合使用釣魚法捕捉。③釣魚法較電氣法有較好的魚種及體型選擇性，可以減少對其他原生魚類誤捕的狀況。因此若考慮對外來種的捕捉數量、單位努力量及誤捕率及對魚類體型的選擇性之後，「釣魚法」是最為適合移除台灣石及粗首鱲兩種外來種的方法，移除效率也最佳。
四、主要建議事項
根據研究發現，針對砂卡礑溪水域生物現況與外來種入侵程度，提出下列具體建議。以下分別從立即可行的建議、及長期性建議加以列舉。
立即可行之建議—外來種的移除建議
主辦機關：太魯閣國家公園管理處
建議國家公園專案針對外來種進行移除工作，規劃專案協請有公信力的團體以研究方式進行相關的移除工作。並與保育宣導活動進行結合。
長期性建議—攔水堰的魚道設計注意事項
主辦機關：太魯閣國家公園管理處
協辦機關：台灣電力公司
建議未來如果要進行砂卡礑溪攔水壩魚梯施作時，應該在設計階段時就注意選擇可以不讓外來種魚類上溯的特殊型式，以可以讓攀爬物種，如鱸鰻，蝦虎魚和蝦蟹類，通過的魚道形式為主要考量。