一、 研究緣起
臺灣水鹿 (Formosan sambar deer, Rusa unicolor swinhoii) 過去受到棲地破碎化與狩獵壓力影響，族群數量十分稀少，直到近年因所受之生存壓力大幅減輕，族群快速增加，目前對森林環境的影響已開始顯現。為因應保育與經營管理的需求，本研究監測水鹿族群狀態(包括分布與密度)，探討水鹿的棲地選擇，調查水鹿對森林植被之損害現況及評估長期影響，並訪查原住民關於水鹿之傳統知識與經營管理意見，還藉由遺傳學研究，了解地理親緣與過去氣候變遷對於臺灣野外水鹿的族群的影響。研究樣區涵蓋太魯閣國家公園、玉山國家公園、雪霸國家公園及部分國家公園外的山區，本年度 (2015) 延續前兩年度之研究，並增加玉山國家公園大分地區、南二段、雪霸國家公園雪劍線、大鹿林道、雪山西稜、太魯閣國家公園無明山東稜、以及國家公園外的梅蘭林道、能高安東軍、郡大溪、佳仁山等新樣區。
二、 研究方法及過程
本研究分為多個面向，使用不同工具進行研究，包括：
(一)、以紅外線自動相機監測各地區中大型哺乳動物相對數量與種類、評估水鹿之棲地選擇、估算水鹿族群密度。
(二)、以穿線線調查法評估水鹿分布範圍。
(三)、訪查原住民以記錄其關於水鹿之傳統知識及相關意見。
(四)、劃設森林長期監測樣區，監測樹木受水鹿啃食情況及變化趨勢。
(五)、採集水鹿排遺樣本，純化並保存水鹿DNA。
(六)、以親緣關係樹分析水鹿族群間之遺傳關係。
(七)、鑽取蓮花池沉積物，以重建古氣候變化，並探討與水鹿遺傳分化之關聯。
三、 重要發現
本年度在玉山國家公園八通關地區設置31個自動相機站收集共93,790 h的監測資料，水鹿出現指數(平均每千小時有效照片數)為16.7，在雪山地區架設29個自動相機站共收集69,291 h的監測資料，水鹿出現指數(平均每千小時有效照片數)為3.0。整合過去兩年其他樣區的資料，顯示水鹿廣泛分布在各個地區，但在雪霸國家公園相對較少，雪霸的中大型哺乳動物相對數量、種類數都較玉山和太魯閣國家公園少。
關於水鹿分布範圍的調查，在大鹿林道東線的調查顯示水鹿分布已經靠近觀霧地區，無明山東稜的調查顯示水鹿分布已經靠近中橫公路北側，梅蘭林道的調查也顯示水鹿分布已接近可通行的道路，只有在雪山西稜、雪劍線的調查顯示水鹿分布侷限在高山地區，距離公路尚遠。
以自動相機資料分析水鹿的棲地選擇，發現海拔和與公路距離是較主要的決定因子，海拔較高、距公路較遠的地方水鹿出現指數可能較高，而尺度較小的微棲地環境因子則通常無影響。但本研究發現，使用出現指數難以建立效力高的迴歸分析模式，未來應採取更新的分析方法。
本年度訪查原住民共28人，受訪者普遍表示水鹿族群增加許多，但狩獵人口也明顯減少，狩獵文化傳承有困難。關於利用方式，部分受訪者表示，鹿茸的價格下降許多，鹿肉也不好吃，因此較少人願意獵水鹿，部分老人家會用水鹿皮製作衣物。
本年度在玉山國家公園內的布新營地、拉庫音溪山屋及大分地區估計水鹿族群密度及樹皮被啃食程度。三個樣區的水鹿密度估計值分別為43.5，70.4及44.2隻/平方公里，樹皮被啃食比例分別為8%，47%及13.8%。水鹿在高海拔的布新營地與拉庫音溪山屋附近偏好啃食臺灣鐵杉、臺灣冷杉、雲杉、玉山杜鵑等，在中海拔的大分地區則偏好啃食紅子莢蒾、南燭或赤楊等樹種。
本計畫另在楠梓仙溪林道監測紅檜被水鹿啃食頻度的時間變化，發現紅檜被啃食頻度在每年3-6月達到高峰，但2014年的啃食頻度較2015年高出許多。紅檜被啃食頻度的時間變化與水鹿活動頻度及族群密度皆無顯著相關，但與解角或茸角期的公鹿數量高度相關，且紅檜樹皮的鈣含量較高山芒、玉山箭竹等主要食草及其他樹種更高，因此本計畫推測水鹿可能啃食紅檜樹皮以補充長角期間的鈣質需求。
水鹿跨域整合研究從2012年至2015年，總共調查了7個不同樣區的水鹿族群密度與冠層樹種受到啃食或磨角調查，累計共有22科65種樹木遭到水鹿啃食樹皮或磨角，且水鹿偏好其中少數的樹種。水鹿活動頻度及族群密度皆與樹皮被啃食頻度無顯著的相關性，因此水鹿密度並非造成水鹿啃食樹皮的主要原因，而可能與某些族群對於樹皮有著特殊需求有關。
本年度完成玉山國家公園、雪霸國家公園、丹大野生動物重要棲地、玉山國家公園、大武山自然保留區之臺灣水鹿排遺樣本採集及DNA純化，及其粒線體DNA控制區域（D-loop）序列全長增幅。今年增加雪霸國家公園佳仁山、丹大野生動物重要棲地之郡大溪樣線與能高安東軍水鹿樣本採集，惟佳仁山沒有發現水鹿痕跡。在臺灣水鹿遺傳結構分析方面，至今已收集1084個水鹿排遺樣本，山除可能來自相同個體的樣本後，共獲得538條粒線體D-loop全長序列，獲得20種D-loop單套型。經數種親緣關係樹分析，以高於99% bootstrap value分成太魯閣雪霸類群與中央山脈兩主要類群。經分子鐘校正計算，共祖時間約在更新世晚期（late Pleostocene）的冰期。經由AMOVA與粒線體D-loop遺傳分化指數（FST）分析，臺灣水鹿基因交流有兩個屏障（barrier），分別位於太魯閣國家公園與雪霸國家公園之間；及太魯閣國家公園南側（奇萊東稜）與丹大北側間。因此我們假設太魯閣國家公園內的峽谷，在冰河期間由於地形與氣候的交互作用成為播遷屏障，少許水鹿以此峽谷為避難所，最終導致遺傳分化。為了強化了太魯閣國家公園內過去可能存有冰河時期動物避難所的可能性。我們嘗試以太魯閣蓮花池過去沉積物的古代花粉學研究，來了解植被在冰期降遷情形。這個計畫總共鑽取13根岩芯，最長岩芯壓縮後沈積物207公分，在193公分取得定年資料，經校正後該處年代為14,450年，也獲取一些花粉資料。這結果猜測蓮花池在最後冰河期可能是個小窪地，這個地點的古代花粉資料應該可以說明冰期時太魯閣國家公園植被降遷情形與是否合適作為水鹿的冰期避難所。
四、 主要建議事項
建議一
立即可行之建議—建立長期樣區並架設自動相機，長期監測植群受損情況及野生動物族群變化趨勢。
主辦機關：各國家公園管理處
建議二
立即可行之建議—透過圖文影像傳播方式，將研究成果科普化運用在未來的教育推廣
主辦機關：各國家公園管理處
協辦單位：中華民國國家公園學會、台灣大學動物科學技術學系、台灣師範大學
建議三
長期性建議—建立與原住民共管野生動物資源的機制
主辦機關：農委會林務局、各國家公園管理處