目前國家公園動物保育研究多以物種名錄建立、族群分布與變遷、棲息地評估等作為經營管理之依據。生物保育的三個層次包括生態多樣性、物種多樣性與基因多樣性，國家公園對保育研究多著重於前兩項，但對基因多樣性卻少有探討。
多樣性的基因是物種適應與演化的重要基礎，基因的多樣性為地理上或生態上的區隔所造成之結果。將現有生態多樣性與物種多樣性之研究成果，溶入基因多樣性之中，以期建立完整生態系研究及並探討其可能變遷之因素。可為國家公園之經營管理提供更有利之基礎。
太魯閣國家公園座面積達九萬二千公頃。海拔高度從 60 公尺到 3740 公尺的南湖大山。在複雜的地理氣候條件下，遂孕育出多樣性的生態環境與生物物種。全區之兩棲類物種，計有 6 科15 種，約佔全臺灣已知兩棲類物種之43%。其中超過半數為臺灣特有種或珍貴稀有之保育類物種。
本計畫擇定之研究物種考量物種族群海拔分佈之廣度，以期發現不同族群是否有基因差異者、保育類或珍稀物種且允許優先採樣者、具有其它基因條碼研究可供比對者、可供國家公園管理處建立基因多樣性指標之物種、管理處其它研究計畫所需基因資料者。初步擇定之兩棲類包含日本樹蛙等 9 種，與爬蟲類包括呂氏攀蜥等 11 種。採集地點沿中橫線依不同海拔高度設定樣點。
本研究計劃，就擇定之兩棲爬蟲類物種完成分子標記，建立微動物地理分區建立園區物種之分子標記親緣關係架構，國家公園生態保育之基因多樣性研究。作為國家公園是否受環境影響之指標及管理之參考，作為國家公園特有生物保育及復育之依據。
根據本調查之研究結果，針對太魯閣國家公園境內之兩棲類海拔分布調查及長期監測調查等事項，提出下列具體建議。以下分別從立即可行及中長期性建議加以列舉：
1、 就擇定之兩棲爬蟲類物種完成分子標記，進行國家公園個體、物種、族群和保育單位鑑定，探知物種是否有外來個體的加入，並進一步探討其在國家公園生態系之扮演角色。與已知資料作比較，並建立物種之親緣關係。
2、 進行擇定物種之分子標記的比較，尋找其間是否有基因變異，確定基因流動範圍，嘗試建立微動物地理分區。
3、 架構國家公園生態保育之基因多樣性研究。針對此擇定物種之特殊基因或CO 1/ Mt DNA 建立基因條碼，上傳至 NCBI 基因銀行（Genebank）或建立國家公園資料庫。
中長期性建議
1、建議可針對不同海拔高度設立長期監測樣區，長期監測不同人為開發壓力下
所造成的兩棲類族群的差異。各樣區地點及環境屬性分列如下：
◎0~500 公尺－砂卡礑溪(溪流、遊憩區)、布洛灣(遊憩區)。
◎500~1,000 公尺－梅園竹村步道(人為開墾區)。
◎1,000~1,500 公尺－蓮花池(自然環境)、洛韶(人為開墾區)。
◎1,500~2,000 公尺－慈恩(人為開墾區)。
◎2,000~2,500 公尺－關原(遊憩區)。
◎2,500 公尺以上－合歡溪上游(自然環境)。
2、建議在未來的保育研究中，可針對本研究中橫公路沿線兩棲類豐度較高的地點，深入公路周圍的自然環境進行兩棲類調查，或設置捕捉陷阱，以調查分析公路邊緣與周圍自然環境間兩棲類族群的差異，作為未來設置或改善生物廊道的依據。
3、建議針對兩棲類進行焦點物種的評選工作，選取具有指標性物種、護傘種功能的兩棲類為焦點物種，優先列入長期監測及保育的對象，以使在有限的資源下，長期監測環境的變化，並維持、保育園區內的生物棲地與生物多樣性。