一. 研究緣起
了解動物的分布與對棲地環境的使用方式，為進行保育與經營管理工作的重要關鍵。台灣水鹿為台灣特有亞種，但目前對水鹿之深入研究仍極少，因此本研究以太魯閣國家公園為研究地區，深入探討水鹿在此區的分布情形與相對豐度，評估奇萊與磐石山區之水鹿數量，建立其分布預測模式，並記錄人為干擾之情形，並捕捉野生水鹿進行追蹤以了解其棲地使用情形。
二. 研究方法及過程
本研究延續2008年的研究成果，增設樣線進行穿越線調查以瞭解太魯閣國家公園內水鹿分布情形與相對豐度，並配合紅外線自動相機，分析其對棲息環境之利用情形。再利用地理資訊系統與遺傳演算法(genetic algorithm for rule-set prediction)分析影響水鹿分布之環境因子，建立水鹿棲地預測模式。同時評估狩獵壓力對水鹿分布的影響，作為經營管理之參考。並萃取水鹿排遺上之DNA進行分析作個體辨識，推估奇萊與磐石山區水鹿最低族群量，及利用紅外線自動相機的水鹿拍攝頻度與其他地區之研究比較，推算奇萊與磐石山區水鹿可能族群量。另捕捉5隻野生水鹿，設置發報器進行追蹤定位，以了解其棲地使用方式。
三. 重要發現與建議
結合前一年度之穿越線調查結果顯示，除合歡山區及東部低海拔地區外，園區內多數地區都具有水鹿分布，奇萊與磐石山區、南湖山區、凱金舊社地區為水鹿相對豐度較高的區域，而箭竹草坡(排遺5.02次/公里)是其較常出現的環境。棲地分布預測模式則顯示合歡山區之環境可能適合水鹿生存，為未來水鹿族群擴散的潛在區域，而中橫公路沿線水鹿出現機率較低。本年度穿越線調查之四條樣線皆發現狩獵痕跡，對狩獵活動的管理與生態旅遊的推動是亟需進行的。
目前已利用血液樣本找出可供個體辨識與遺傳分析的微衛星標記，未來將進一步利用排遺樣本進行嘗試，以協助族群數量估算。另利用自動相機之資料與南二段地區相比較，粗估奇萊與磐石山區水鹿密度為0.40-0.47隻/公頃。
本年度成功捕捉到5隻水鹿並設置發報器，雄鹿平均體重為119.5 kg，雌鹿平均體重為69 kg，其中兩個發報器已經脫落，另三個目前持續追蹤當中，建議未來需持續研究並增加樣本數，以獲得更完整之研究成果。
根據本年度研究結果，我們建議太魯閣國家公園管理處加強狩獵行為之管制，並持續推動生態旅遊，讓居民共同守護自然資源。並以GPS項圈對水鹿進行更深入之棲地使用研究，以加強對本種之保育研究，未來則可進一步研究台灣水鹿之族群遺傳結構。