本研究整理近年來研究報告及本研究所得，共記錄132種；此數目遠超過台灣各國家公園，顯示過去十餘年來對植物的了解和認識已大為增進。南湖圈谷獨特的生育地，孕育出獨特的高山植物，其中並含有多種的稀有植物，幾可達太魯閣國家公園稀有植物之半。本研究從事稀有植物生育地調察及棲地保護之研究；經過本研究的調查和整理前人記錄，共記錄40種；稀有種( Rare；R)有20種；岡本氏岩蕨因數量太少，資料不足，列為身份未定種( K)；疑問種1種；非固有稀有種(NE)18種合計40種。其中追分忍冬、雪山翻白草、細葉杜鵑、平枝舖地蜈蚣、森氏毛茛、南湖毛茛係比對前人研究後，首次予以列入，而葉芽筷子芥和平枝舖地蜈蚣係本調查首先發表的新記錄稀有種。 本調查中將稀有植物出現的生育地分為8類，分別為裸岩或岩塊、岩屑地、圓柏杜鵑灌叢、玉山箭竹草生地、冷杉林、鐵杉林、雪杉林、山谷溪畔和二葉松林，其中稀有植物主要分佈於前3型。由於南湖圈谷各地區的植群相當的穩定， 從鈴木時夫(等)以降，其所區分的植物社會和種類目前均可發現， 顯示沒有大規模的變動，因此只要就目前現狀予以保護，應無滅種之虞。 使用同本簿嶼膍s南湖柳葉菜、南湖碎雪草、南湖紫雲英的遺傳結構，結果南湖柳葉族群內的個體完全相同，即沒有遺傳上的變異。南湖紫雲英遺傳變異度為(HE)為0.032，亦顯示低度的變異；但南湖碎雪草(HE=0.126)則具有較高的變異。由於研究時間及人力的限制，未能進一步研究雪山圈谷同種的族群遺傳結構，殊為可惜，期望未來能進一步的研究。 就目前所記錄的132種稀有植物，對清水山地區和太魯閣峽谷地區所知仍極為有限，應更積極進一步研究，提供保育上的參考。