臺灣水鹿是臺灣陸地上體型最大的野生動物，曾經因為受到棲地破壞與狩獵壓力影響，族群數量十分稀少，被列為保育類野生動物。近年因為生存壓力大幅減輕，族群數量有增加趨勢，其磨角與啃樹皮的行為與森林的更新演替之間的關係引起討論。為因應保育與經營管理的需求，太魯閣、玉山及雪霸國家公園管理處攜手合作，自101-104年委託臺師大王穎教授主持的研究團隊辦理臺灣水鹿跨域整合研究計畫，監測水鹿族群狀態，調查水鹿對森林植被之利用現況及評估其長期影響，並藉由遺傳學研究，了解水鹿的地理親緣關係。
在太魯閣及玉山國家公園的部分地區，水鹿的分布範圍已經漸漸擴散到靠近山區道路附近。研究團隊指出，可能再過幾年後，開車行駛中橫、新中橫、或南橫公路時，遇見水鹿在路旁出沒的機率會越來越高。而在雪霸國家公園，水鹿的分布仍侷限於深山地區，只在大鹿林道東線與雪劍線有零星分布，其中大鹿林道東線的水鹿族群分布範圍漸漸往觀霧遊憩區的方向擴散。
研究團隊在三個國家公園都設立了森林監測樣區，發現水鹿啃食情形在玉山國家公園最嚴重，在另外兩個國家公園則很輕微。經統計分析水鹿啃食樹皮行為頻度與水鹿密度並沒有顯著相關，暗示可能與水鹿的生理或健康需求有關。森林樣區共記錄了153種樹木，其中高達94種的樹皮曾遭水鹿啃食，部分樹種特別受到水鹿的喜好，特別是屬於針葉樹的鐵杉、冷杉、雲杉，被啃食比例與死亡比例高，再加上水鹿喜歡啃食較年輕較細的樹木，研究團隊估計這樣的啃食偏好，對森林的更新、演替造成影響。這研究也提出森林演替與動物相間的平衡，是未來在保育管理上須有系統的整合。
1.在楠梓仙溪林道監測紅檜被水鹿啃食頻度的時間變化，發現紅檜被啃食頻度在每年3-6月達到高峰，被啃食頻度與水鹿活動頻度及族群密度皆沒有明顯相關，卻與解角或茸角期的公鹿數量高度相關。經成分分析，發現紅檜樹皮的鈣含量較高山芒、玉山箭竹等主要食草及其他樹種更高，因此推測水鹿啃食紅檜樹皮的原因之一，是為了補充長茸期間的鈣質需求。
2.在水鹿遺傳結構分析方面，研究團隊廣泛收集太魯閣國家公園、雪霸國家公園、玉山國家公園、丹大野生動物重要棲息環境、大武山自然保留區等地區共1084個水鹿排遺樣本，獲得538條粒線體D-loop全長序列，分析結果共可分為20種DNA單套型，經數種親緣關係樹分析，可把水鹿分成太魯閣雪霸類群與中央山脈類群兩個主要類群。結合遺傳分化指數、分子遺傳變異分析（AMOVA），發現有兩個水鹿遺傳交流屏障，一個在太魯閣國家公園與雪霸國家公園間，另一個在太魯閣國家公園與丹大野生動物重要棲息環境間，地理屏障約落在合歡山至奇萊東稜。丹大以南則沒有顯著遺傳交流屏障。經分子鐘計算，兩類群分歧時間約在過去的冰河時期間。團隊過去以配戴衛星發報器項圈的奇萊磐石水鹿進行研究，顯示水鹿對於氣溫敏感，具有季節性垂直遷移行為。結合水鹿遺傳結構、基因流向（gene flow）、地理距離隔離、冰河植被降遷尺度、古代花粉學及其遇冷降遷行為等資訊，研究團隊推測太魯閣國家公園內的中低海拔山區與峽谷很可能是水鹿在冰河時期的避難所，附近被冰封的高山、雪線與陡峭地形則是牠們當時移動播遷的屏障，因此導致遺傳分化為太魯閣雪霸類群，直到冰河退去後才往外播遷，與中央山脈類群再次接觸。經基因流向分析，雪山山脈的水鹿是由中央山脈太魯閣地區水鹿遷移過去，遺傳多樣性最低。臺灣水鹿的跨域親緣地理研究提出臺灣水鹿在島內的演化播遷路徑、遺傳結構的地理分群的證據。推測冰河期氣候變遷、植被降遷、陡峭地形特徵與冰河避難所形成影響過去水鹿族群遺傳分化。這些研究結果與收集的遺傳資源庫提供一個完整臺灣水鹿遺傳資訊、資料庫與分析技術，有利用於未來臺灣水鹿保育策略的擬定。