倡議：
日治時期昭和12年(1937 年)，由當時台灣總督府依據島嶼資源與景觀條件，選定本區為台灣八大風景區之一，並且規劃為「次高太魯閣國立公園」。範圍包括雪山、大霸尖山、霧社、谷關及立霧溪流域一帶，面積達廿七萬公頃，後因太平洋戰爭爆發而停止後續作業。
建設：
民國38年，國民黨政府遷台後，便積極對台灣展開一系列有計畫的建設工作。從民國45年起，即開始東西中部橫貫公路的拓建工程，費時4年，於民國49年正式通車。其中由合歡山至太魯閣這一段路線，便成了日後太魯閣國家公園的交通主脈。太魯閣峽谷的雄偉景觀，在沿線展現無遺。
立法：
民國61年，內政部民政司成立「國家公園法擬定小組」，並於同年六月公布實施，當時即選定「太魯閣國家公園」為預定之第一座國家公園，後因故未能開展。
規劃：
行政院於民國68年所核定之「台灣地區綜合開發計畫」中，指定太魯閣地區、中橫公路至大禹嶺、合歡山及蘇花公路為國家公園及國家道路公園。而行政院在民國71年頒布的「觀光資源開發計畫」中，指示內政部營建署調查規劃太魯閣國家公園，並於民國73年核定公告立霧溪大理岩峽谷、清水斷崖、清水山、南湖大山、合歡群峰、奇萊連峰等為太魯閣國家公園區域，總面積達九萬二千公頃。
成立：
經過多次審議及協調，立霧溪水力發電計畫與崇德工業區不宜在國家公園區域內發展的定論下，民國75年完成太魯閣國家公園計畫書，同年11月12日辦理計畫圖公告，11月28日成立管理處，歷經半世紀的波折，太魯閣國家公園終於誕生。太魯閣國家公園警察隊則於於民國77年5月20日成立。民國78年，太魯閣國家公園管理處由綠水搬到太魯閣；綠水管理站與合歡山管理則於民國81年11月14日以及民國85年7月1日先後成立。
民國112年9月20日內政部國家公園署成立，本處由原「太魯閣國家公園管理處」調整為「內政部國家公園署太魯閣國家公園管理處」。