1.棲地環境：
本園區位於臺灣東部，園內太魯閣峽谷區主要由第三紀變質雜岩構成，從更新世以來因地殼上升與河流下切作用旺盛，造就舉世聞名的峽谷景觀，處處可觀察位於新構造運動區域的地貌特徵，其餘環境主要由第三紀變質岩及亞變質泥岩構成，此類變質泥質岩類抗蝕性較差，三千公尺以上地區因氣候與地形關係土壤淺薄，沖蝕的沖積物則堆積在河谷、山間盆地間形成肥厚的土壤，孕育出大片面積的原始森林，此外尚有高山第四紀冰河地形遺蹟，提供地球過去環境變遷的證據。
水文的部份，降雨較集中在夏季，特別在颱風發生時，常在短時間內帶來大量降雨，又因地形陡峻、河流短急，快速的沖刷使河流輸砂量驚人，冬季為乾季，部份河流變成伏流，露出乾涸的河床；氣候特徵，隨地形變化差異大，東側500公尺以下地區，屬副熱帶濕潤氣候區，其餘海拔1,000至3,000公尺山區屬於溫帶氣候區，3,000公尺以上地區全年積雪期可達四個月。
2.生物多樣性：
距今18,000年前最後一次冰河時期發生時，由於海平面下降，臺灣和大陸陸塊相連，生物可以自由遷徙，在冰河退去後，臺灣成為海島，許多冰河時期生物留在臺灣成為孑遺物種，為適應島嶼生態的特化物種也漸漸形成，概括臺灣全島生物數約150,000種，佔全球1.5﹪，其中高達1/3致1/4物種都是臺灣特有種（約有5,000~35,000種生物僅存在於臺灣）。
太魯閣的生物資源，依目前研究資料顯示至少有1,908種高等維管束植物，稀有植物數量為所有臺灣國家公園之冠；野生動物數量目前研究統計至少有1,554種，特有種至少在53種以上。
3.生態系多樣性：
生態系是由生物與其所在的棲地互相作用組成的環境系統，其外觀形貌決定於系統中的組成份子、互動關係與演化模式，不同的生態系能夠提供各種物種與基因多樣性的存在，太魯閣國家公園區內的生態系，含括全臺灣低海拔至高海拔所有代表性的森林生態系、河川生態系及草原生態系等，其中較特殊的生態系有：南湖圈谷高山生態系、高地草原生態系、石灰岩峽谷生態系、清水蘇花海岸生態系等。
- 南湖圈谷高山生態系：據初步研究此區留有最後一次冰河遺跡，尤其上下圈谷保留的最完整，獨特的地形讓此區擁有本園達半數的稀有植物，植物與部份昆蟲的共同演化趨勢，讓我們相信應有更多未知的特有種類生物等待發覺。
- 合歡山草原生態系：高山草原由於不具經濟價值，歷來對此生態系的研究較少，但因合歡山所屬位置的特殊，直接迎東北季風，冬季降雪豐富，讓此區一直保留在箭竹草原的演替階段，部份生態特殊性值得進一步探究，交通上又因中橫公路的通過，實為研究臺灣高山生態的好地點。
- 石灰岩峽谷生態系：峽谷區地形陡峻，特殊的地形直接影響日照、風向、風速及水文等環境因子，造就出生活其中特殊的生物生態，也孕育許多特殊的稀有動植物，因而成為研究熱門區。
- 清水蘇花海岸生態系：自蘇花海岸凌空拔起至海拔2408公尺的清水山區，為海岸生態系與石灰岩區之交會地帶，許多特殊物種分布。
4.文化社會多樣性：
部落遷移史、文化習俗、歲時祭儀、神話傳說、自然資源利用與認知（民俗植物、動物）、藝術與歌謠等，其餘尚有日據時期日人於本區遺跡與事蹟、早期公路開發與資源開採歷史等均為重要人文資產。
綜合以上各點，本國家公園資源特色與重要性如下:
- 具有全世界最快速地殼上升速率及新構造運動區域地貌
- 獨特的峽谷地形與變質岩分布
- 第四紀冰河遺蹟，提供地球環境變遷的研究地
- 孑遺與特有動植物及其生態
- 南湖大山、太魯閣峽谷及合歡高地草原獨特的生態系統
- 結構良好未受干擾的森林生態系
- 人文資源及其文化背景區域
變化多端的高山美景
變化多端的高山美景
太魯閣國家公園位於中央山脈北段，境內地勢高聳，層峰綿連，二千公尺以上的高山約佔全區面積的一半，名列台灣百岳的高山達27座之多，其中以南湖大山、奇萊連峰、合歡群峰、中央尖山最負盛名。
南湖大山高3740公尺，是園區的最高峰，台灣的五嶽之一，山勢巍峨，有如帝王之相，擁有豐富而特殊的植物資源，且為大甲溪最高最遠的發源地。
奇萊連峰斷崖嶙峋，氣候變化莫測，有黑色奇萊之稱，尤其北峰是台灣的「十峻之一」，非常險要，立霧溪的最高源頭也發源於此。
中央尖山為台灣的「三尖」之首，海拔3705公尺，尖錐狀的山勢高聳直指天際，是原住民心中的靈山，在登山界一般與南湖大山合稱為「北一段」。
合歡群峰山勢較平緩，中橫公路霧社支線蜿蜒穿過，交通極為方便，是可及性極高的高山地區。其每年冬天受東北季風帶來水氣，再遇上北半球冷氣團南下的影響，形成冷鋒過境，循蘭陽溪谷直達合歡山區，帶來豐沛的降雪，使合歡山成為台灣的賞雪勝地。
滋養萬物的繽紛生命
滋養萬物的繽紛生命
生物與非生物環境之間互相影響，所形成的穩定系統稱為「生態系」，太魯閣國家公園的特色是山高谷深，海拔落差高達3700多公尺，園區內的生態系，含括全臺灣低海拔至高海拔所有代表性的森林生態系、河川生態系及草原生態系等，因此當您進入太魯閣國家公園後，沿途從亞熱帶到寒帶的景觀變化，將讓您大飽眼福。依照氣候、地形、動物及植物的差異來區分，太魯閣國家公園共可分為以下六個生態系:
- 水域生態系：大吻鰕虎、日本禿頭鯊、棕塘鱧、台灣絨鰲蟹、泥鰍、台灣鏟頜魚、河烏、鉛色水鶇、台灣紫嘯鶇、貓鼬。
- 常綠闊葉林生態系：九芎、山棕、台灣蘆竹、青苧麻、綠椿象、紅紋鳳蝶、長臂龜、捲葉象鼻蟲、野鴝、白尾鴝、藍尾鴝、藍磯鶇、赤腹松鼠、大赤鼯鼠、條紋松鼠、山豬、山羌、長鬃山羊。
- 針闊葉樹混生林生態系：台灣雲杉、台灣鐵杉、紅檜、扁柏、台灣黃杉、綠啄木、白耳畫眉、青背山雀、冠羽畫眉、棕面鶯、紅頭山雀、紋翼畫眉、黃腹琉璃鳥、巨嘴鴉、橿鳥、藪鳥、森鼠、高山白腹鼠、赤腹松鼠、條紋松鼠、大赤鼯鼠、白面鼯鼠、台灣長鬃山羊、山羌、水鹿、台灣黑熊。
- 針葉林生態系：玉山圓柏、台灣雲杉、台灣鐵杉、台灣冷杉、白面鼯鼠、條紋松鼠、高山白腹鼠、森鼠、火冠戴菊鳥、酒紅朱雀、煤山雀、金翼白眉、星鴉、鷦鷯、栗背林鴝、台灣黑熊、台灣長鬃山羊、台灣山椒魚。
- 箭竹草原生態系：玉山箭竹、龍膽、台灣藜籚、南湖杜鵑、森氏杜鵑、岩鷚、鷦鷯、酒紅朱雀、高山白腹鼠、台灣森鼠、雪山草蜥、華南鼬鼠。
- 寒原生態系：南湖杜鵑、玉山圓柏、玉山箭竹、高山山蘿蔔、南湖柳葉菜、酒紅朱雀、金翼白眉、高山白腹鼠、台灣長鬃山羊、華南鼬鼠。